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提速近10倍！基于深度学习的全基因组选择新方法来了******

　　近日，中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用，将助力深度学习在全基因组选择中的应用，为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物（Molecular Plant）》上。

　　全基因组选择作为新一代育种技术，通过构建预测模型，根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择，从而缩短育种世代间隔，加快育种进程，节约成本，推动现代育种向精准化和高效化方向发展。

　　统计模型作为全基因组选择的核心，极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型，难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。

　　相较于传统模型，非线性模型（如深度网络神经）具备分析复杂非加性效应的能力，人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机，深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。

　　该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料，通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。

　　与其他五种主流预测方法相比，该方法有以下优点： 可以利用多组学数据开展全基因组预测；算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构，可以有效降低模型错误率，提高运行速度；预测精度稳健，在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当，在大规模数据集上预测优势更加明显；计算时间与传统方法相近，比已有深度学习方法提速近10倍；超参数调整对用户更加友好。

　　该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。

学术支持

中国农业科学院作物科学研究所

记者

宋雅娟

一座中原煤城与红嘴鸥的“双向奔赴”******

　　平顶山市民观赏红嘴鸥。　庞秋霞　摄

　　中新网平顶山12月25日电 题：一座中原煤城与红嘴鸥的“双向奔赴”

　　记者 韩章云

　　“来啦！来啦！吃饭啦！”12月25日早上八点半，庞秋霞手持鸥粮准时来到平顶山的一处观鸟平台。随着一声声悠长的呼唤，原本在远处水面浮游的红嘴鸥闻讯起飞，向着她所在的位置聚集、盘旋。鸟儿们愉悦的鸣叫声，唤醒了城市的清晨。

　　犹如老友重逢，11月初，成群的红嘴鸥再次来到河南平顶山白龟山湿地省级自然保护区。2016年，当地首次发现成规模的红嘴鸥。此后，来这座中原煤城越冬的红嘴鸥一年比一年多。当地林业部门预计，今年到访的红嘴鸥最多可达6000余只。远道而来的红嘴鸥备受当地市民喜爱，冬日湖畔赏鸥成为一道风景。

　　红嘴鸥在平顶山白龟湖捕食。　庞秋霞 摄

　　今年60岁的庞秋霞，是“鹰城精灵红嘴鸥守护团队”的一名志愿者。该团队成立三年来已有70余名成员。每年冬季红嘴鸥到来后，志愿者们就会守候在红嘴鸥聚集区域，投喂食物、劝导游人文明赏鸥、用相机记录红嘴鸥灵动的身姿。

　　“我们每天上午八点半到九点，下午三点到四点投喂红嘴鸥，这些鸥粮、小鱼虾都是红嘴鸥喜爱的食物，湿地中心的小岛上还会撒玉米、高粱等，供所有鸟儿食用。”庞秋霞喜欢红嘴鸥，“它们有灵性，亲人，一声招呼就飞过来吃食了。”

　　位于河南中部的平顶山又称“鹰城”，是一座典型的资源型工业城市，煤炭储量丰富。最近十年，该市生态环境有了可喜的变化，曾经的“半城煤灰半城土”已蜕变为“半城山水满城绿”。

　　“鸟儿用翅膀为城市投票。”白龟山湿地省级自然保护区管理中心主任张立峰说，近十年来，平顶山生态环境改善显著，尤其水质、沿湖生态进一步好转，这是红嘴鸥与中原煤城的“双向奔赴”。

　　冬日赏鸥成为平顶山的一道风景。　庞秋霞 摄

　　在红嘴鸥集中的白龟湖区域，为保护水质，平顶山自2016年起对湖中的养鱼网箱进行清理，取缔湖中沙岛及沿湖50余家餐馆，清理地笼、旅游快艇、采砂船等，并对注湖河流进行在线断面监控，时刻掌握上游水质情况。

　　为保护湖区生态，该市在沿岸持续植树造林，全面绿化周边及入湖河流沿岸。每年3月，平顶山统一开展增殖放流活动，严厉打击违法捕捞行为，并依据自然保护区相关条例，推进湖区禁渔，减少湖面的人为干扰。

　　张立峰说，为了留住红嘴鸥，平顶山向昆明林业部门“取经”，精心选购鸥粮，每天定时、定点、定量人工投喂100余公斤饲料，让红嘴鸥有充足的食物。

　　平顶山还出台了红嘴鸥保护方案，并与科研院校一起加强对鸟类的监测和研究。除了红嘴鸥年年到访，当地还监测到黑脸琵鹭、蓑羽鹤的身影，青头潜鸭、中华秋沙鸭、黑鹳、东方白鹳等珍稀鸟类也频频现身，白琵鹭、豆雁、白鹭、鸬鹚更是常见。到2027年，来平顶山过冬的候鸟总数预计将达3万只。(完)

　　（文图：赵筱尘 巫邓炎）